Původem prý sahají daleko do pohanské doby. Někteří soudí, že zde někde na Zlatém Koni stála svatyně, kde byl uctíván bůh Svantovít. V době zimního a letního slunovratu se tu konaly obřady pálení ohňů, ke kterým putoval lid z celého okolí. Pohanatí šrecové bydleli prý pod Zlatým koněm v nynějších Koněprusích a první jejich domek stál „Pod rybníčky“, zde je dnes čp.27. Prusý je slovanský výraz pro bílý a Koněprusy značí bílé koně …. Tolik ústní tradice.
Z doložených pramenů víme, že v roce 1393 přednášel na filosofické fakultě pražské university Mistr Petr z Koněprus a byl od 19. dubna do 11. října děkanem.
Roku 1420 se uvádějí Hašek a Jindřich z Koněprus.Roku 1455 sídlil poslední tohoto rodu Václav z Koněprus na tvrzi koněpruské, která zanikla asi koncem 15.století.
Pozemky připadly jako odúmrť králi Ladislavovi, který je i s Popovicemi daroval Vaňkovi ze Svárova. Jan Karel ze Svárova je v roce 1544 uváděn v zemských deskách jako držitel starodávného dědictví rodu v Popovicích a Koněprusích. Zanechal jedinou dceru Kateřinu, která se roku 1557 provdala za Ottu z Losu a ten prodal v roce 1586 zboží Janovi st. z Lobkovic na Točníku. Od té doby patřily Popovice a Koněprusy ke králodvorskému panství. Ale jen z části. Své poddané zde měl i jakýsi Šebestian Vikhart ze Šanova, který je roku 1593 prodal i s Vinařicemi liteňskému pánu Václavu Vratislavu st. z Mitrovic.
K Litni patřila část Koněprus až do roku 1709, kdy zboží odkoupil suchomastský pán hrabě z Bubna, příbuzný Mitroviců, jehož slavný předek Kuňata Jaroslav hrabě z Bubna, hejtman podbrdského kraje sídlil v Litni po třicetileté válce.
Třetí část obce si ponechal Jan Karel ze Svárova při panství tmaňském. A tak Koněprusy až do roku 1848 patřily třem vrchnostem.
V husitských válkách se zúčastnili koněpruští slavné bitvy u Domažlic a pod vedením Prokopa Holého zde v srpnu 1431 oslavili vítězství.
Za třicetileté války byly Koněprusy vypleněny dvakrát. Poprvé při vpádu Sasů v roce 1634 a podruhé při vpádu Švédů v roce 1639. Zbyli tu jen tři sedláci a dva chalupníci a tři grunty prázdné. Pustých polí bylo 208 korců, zoraných 152, oseto jen 76,5 korce.
Koněprusy v té době patřily k víře českobratrské a zažily výhružky jesuitů, aby přestoupily ke katolíkům. Kovář Jan Slavík se svou ženou Dorotou se vzepřel a nepřestoupil.
Doba temna ale i zde sehrála svou roli a tak ani probuzenecká doba zde nenašla ohlasu.
Společenský život se začíná probouzet až těsně před koncem minulého století, kdy v roce 1898
náležely školou do Tmaně. Protože do školy bylo daleko, vydržovali si koněpruští soukromého učitele, který vyučoval děti v najakých místnostech čp.23 a 17. V roce 1860 byla postavena patrová budova školy přičiněním starosty Jana Cipry. Přiškolena byla sousední obec Bítov, jehož děti dříve chodily do Počapel. Prvním učitelem školy byl Antonín Suk v letech 1860 až 1879.
Ruční ženské práce zde začala vyučovat v roce 1884 Marie Priedlerová.
Protikatolické smýšlení předků se v Koněprusích projevilo v tom, že po první světové válce se naprostá většina občanů přihlásila k československé církvi, hodně bylo bez vyznání a pouze 7 % zůstalo katolíky. Ale i tak zde měli rozhodující slovo agrárníci.Dělníci z kamenolomů, králodvorských cementáren a železáren zůstávali v menšině.
V roce 1900 měly Koněprusy 51 domů a 279 obyvatel, v předvečer světové války zde žilo ve stejném počtu domů přes 300 lidí. Světová válka si vyžádala 10 životů vojáků. Z mužů, kteří odešli na frontu, zemřel každý šestý.
